Viele Science-Fiction-Filme oder -Serien haben eines gemeinsam: Raumskämpfe. Auch aus Star Trek, mögen sie auch insgesamt nicht ganz so häufig vertreten sein, sind Raumkämpfe nicht wegzudenken. In Star Trek Online, das zeitlich 30 Jahre nach den Ereignissen des Kinofilms Star Trek: Nemesis spielt, liegt das Klingonische Imperium erneut mit der Föderation der vereinten Planeten im Krieg. Dementsprechend spielen Raumschlachten in Star Trek Online eine große Rolle.

Energieverteilung
Als Captain seines eigenen Schiffes kann der Spieler nicht nur einfach das Schiff steuern, sondern muss auch taktische Entscheidungentreffen,auch und gerade in einer Schlacht. Die Energieverteilung der einzelnen Subsysteme spielt hierbei eine große Rolle. Die Energiezuteilung für Waffen-, Antriebs- und Schildsysteme kann individuell und situationsbedingt angepasst werden. Steht der Gegner kurz davor, die eigenen Schilde zu durchdringen, kann der Spieler die Energiezufur zum Beispiel der Waffensysteme zu den Schilden umleiten, die so verstärkt werden und sich schneller regenerieren. Die Schildsysteme sind in vier separate Quadranten unterteilt: linke, rechte, vordere und hintere Schilde. Sollten mehrere Gegner gezielt auf einen Schildquadranten feuern, kann die Energiezuteilung für den betreffenden Bereich zusätzlich verstärkt werden.


Waffensysteme
Bei den Waffensystemen werden mehrere Gattungen unterschieden: Phaserbänke, Disruptoren und Photonentorpedos. Phaser und Disruptorensind sehr effektiv gegen Schilde, verursachen jedoch nur mäßigen Schaden an der Hüllenstruktur eines Schiffes. Sobald ein Schildquadrant des gegnerischen Schiffes ausfällt, kommen die Photonentorpedos zum Einsatz. Gegen Schilde gerichtet, verursachen Torpedos keinen nennenswerten Schaden. Erreichen sie jedoch die Hülle eines Schiffes, sind die Schäden verheerend. Jede Schiffsklasse hat unterschiedlich viele Waffenslots an Bord. Die Anzahl richtet sich nach der Größe des Schiffes. Der Spieler muss zudem die unterschiedlichen Schusswinkel der einzelnen Waffensysteme berücksichtigen. Die meisten Strahlenwaffen können in einem Winkel von über 210° schießen, während Torpedos nur einen Schusswinkel von 90° besitzen. Phaserbänke, die in vordere und hintere Slots angebracht werden, können damit gleichzeitig als Breitseite nach links oder nach rechts abgefeuert werden und verursachen somit wesentlich mehr Schaden am gegnerischen Schild.


Brückenoffiziere
Über Sieg oder Niederlage entscheidet bei einer gleichstarken Schiffskonfiguration am Ende das Können des Spielers, außerdem die eingesetzten Brückenoffiziere und dessen Fähigkeiten. Einer gut ausgebildeten Brückencrew stehen viele unterschiedliche Fähigkeiten zur Verfügung, die die Situationen während einer Raumschlacht zu Gunsten des eigenen Schiffes entscheiden können. Taktische Offiziere verwenden überwiegend agressive Fähigkeiten, wie z.B. das mehrfache Laden und Abfeuern von Torpedos. Technische Offiziere können kurzfristig die Leistung spezifischer Subsysteme erhöhen, und wissenschaftliche Offiziere manipulieren beispielsweise die gegnerischen Schilde mit Tachyonimpulsen oder Traktorstrahlen. Die Qualität der Fähigkeiten eines Offiziers hängt hierbei von dem erreichten Rang und der Qualität und Rangstufe der verwendeten Station ab.

Generell ist ein Schiff mit gut ausgebildeten Offizieren und überragender Ausstattung effektiver als ein Schiff mit einer Brückencrew, die aus „Neulingen“ besteht, ganz gleich an Bord welcher Schiffsklasse diese ihren Dienst verrichten.