In Star Trek Online (STO) werden nicht nur Weltraumkämpfe eine große Rolle spielen, auch auf Bodeneinsätzen (Außenmissionen) wird man unterwegs sein. Vor jeder Außenmission muss der Spieler sein Außenteam zusammenstellen, das aus bis zu 5 Charakteren bestehen kann. Dabei kann man neben seinem eigenen Captain 4 weitere Brückenoffiziere auswählen, die einem dann zur Seite stehen. Ist man mit einer Gruppe aus Spielern unterwegs, werden die eigenen Brückenoffiziere durch die jeweiligen Spieler oder deren Brückenoffiziere ersetzt, sofern weniger als 4 Teammitglieder an der Außenmission teilnehmen möchten. Jeder Captain kann allerdings nur seine eigenen Brückenoffiziere steuern.
Den Brückenoffizieren können verschiedene Verhaltensweisen befohlen werden, wie z.B. offensiv, defensiv und passiv; außerdem gibt es einen Befehl, der die Brückenoffiziere dazu veranlasst, auf das Ziel des Spielers zu feuern. Zudem verfügen alle Charaktere (also auch die Brückenoffiziere) über Körperschutzschilde, die einige Treffer absorbieren können, ehe der Charakter Schaden nimmt. Ruht man sich eine Weile aus oder geht hinter einem Gegenstand in Deckung, regenerieren sich die Schilde wieder.

Darüberhinaus kann man seinen Charakter mit sogenannten „Kits“ ausrüsten. Jeder Captain kann jeweils ein Kit mitnehmen, welches ihm zusätzliche Fertigkeiten während der Mission zur Verfügung stellt. Zu diesen Fertigkeiten zählen z.B. das Aufstellen von Verteidigungstürmen, Kraftfelder oder das Projizieren holografischer Soldaten. Um diese Kits benutzen zu können, benötigt man sowohl den entsprechenden Beruf als auch den entsprechenden Rang. Im späteren Spielverlauf stehen dem Spieler eine große Anzahl diverser Kitvarianten zur Verfügung, wodurch ihm eine Menge unterschiedlicher taktischer Möglichkeiten geboten werden. Kits sind jeweils für eine bestimmte Klasse geeignet. Beispielsweise steht einem wissenschaftlich orientierten Captain ein Kit zur Verfügung, das es ihm ermöglicht, andere Teammitglieder zu heilen. Technische Kits können Boni auf die Wiederaufladungsrate der Körperschilde geben, während taktische Kits zum Beispiel einen Schadensbuff für die Gruppe ermöglichen. Für das Absolvieren von Missionen kann der Spieler ebenfalls neue Kits als Belohnung erhalten.

Auch die Ausrüstungsgegenstände des Außenteams spielen eine große Rolle. Phasergewehre oder Phaserpistolen haben eine jeweils unterschiedliche Funktionalität, verursachen unterschiedlich viel Schaden und können zudem verschiedene Auswirkungen auf einen Gegner haben, z.B. „Betäuben“ oder „Umstoßen“. Einige Ausrüstungsgegenstände geben dem Träger entweder einen verbesserten Schutz gegen gegnerische Schadenseinwirkungen oder gewähren ihm zusätzliche Boni für bestimmte Fertigkeiten.

Für den erfolgreichen Abschluss einer Außenmission ist die Teamzusammenstellung sehr wichtig. Eine bloße Zusammenstellung aus offensiven, taktischen Offizieren ermöglicht zwar ein schnelles Vordringen auf feindlichem Territorium; sollte es jedoch zu einem Stellungskampf kommen, wird man sehr schnell einen Arzt in seiner Mitte vermissen, oder zumindest einen Techniker, der sich um die Körperschilde der eigenen Mitstreiter kümmert.