In Star Trek Online entscheidet sich ein Spieler für einen von drei Karrierewegen: Wissenschaftler, Ingenieur oder Taktiker. Jeder dieser Karrierewege hat unterschiedliche Auswirkungen auf den Charakter. Sie beeinflussen das Startpaket an Fähigkeiten und Fertigkeiten und lenken die Karrierelaufbahn des Spielers grob in eine Richtung, ohne ihn jedoch endgültig in einen Bereich zu drängen. Generell können Charaktere mit taktischer Grundausbildung besser mit Waffensystemen und den entsprechend offensiveren Schiffsklassen umgehen (die über mehr Stationen für taktische Brückenoffiziere verfügen), andererseits kann ein Spieler die für jede abgeschlossene Mission oder Episode erhaltenen Fertigkeitenpunkte natürlich auch in die Verwendung von Wissenschaftsschiffen investieren, um auch diese Schiffe fliegen zu können.


Punkteverteilung
Generell ist Star Trek Online fertigkeitenbasiert. Erhaltene Fertigkeitenpunkte können daher frei in den entsprechenden Fertigkeitenbäumen des Charakters verteilt werden. Diese gestalten sich je nach gewähltem Karriereweg etwas anders. Einem Charakter, der die Ingenieurkarriere wählte, stehen entsprechende technische Fertigkeiten zur Verfügung, in die er seine Punkte investieren kann. Die Punkte können jedoch auch generellen Fertigkeiten, wie z.B. dem Umgang mit einer bestimmten Schiffskategorie, z.B. Kreuzern, zugewiesen werden. Steigt der Spieler mit seinem Charakter einen Rang auf, stehen neue, verbesserte Fertigkeiten zur Auswahl. Hierbei kann der Spieler entscheiden, ob er seinen Charakter in einigen Bereichen spezialisieren möchte, in dem er die fortgeschrittenen Fertigkeiten erlernt, oder doch lieber ein breites Feld an einsetzbaren Funktionen zur Verfügung haben möchte. Fertigkeitenpunkte können, unabhängig vom aktuellen Rang, auch in rangniedrigere Fertigkeitenbäume investiert werden. Generell müssen für einen Rangaufstieg eine bestimmte Anzahl an Fertigkeitenpunkten investiert worden sein.


Die Ränge
In Star Trek Online unterteilen sich die Ränge in:

Lieutenant (Tier 1)
Lieutenant Commander (Tier 2)
Commander (Tier 3)
Captain (Tier 4)
Admiral (Tier 5)

Je mehr Fertigkeitenpunkte in eine spezifische Fertigkeit investiert wurden, um so effektiver ist diese und hat überdies Einfluss auf nachfolgende Fertigkeiten (Synergiebonus). Ist ein Charakter auf eine bestimmte Fertigkeit spezialisiert, stehen ihm bei Erreichen des nächsten Ranges die entsprechenden weiterführenden Fertigkeiten zur Verfügung und geben zusätzliche Boni. Dadurch kann sich ein Spieler mit seinem Charakter auf bestimmte Fertigkeiten spezialisieren und sich gegebenenfalls erheblich von der Karrierelaufbahn anderer Spieler unterscheiden.
Selbst dann, wenn ein Spieler den Rang eines Admirals erreicht, hat er erst ungefähr die Hälfte seines Karrierefortschrittes hinter sich gebracht. Durch Abschluss weiterer Missionen und Episoden erhält der Spieler weiterhin Fertigkeitenpunkte, die er wiederum in seine Fertigkeitenbäume einsetzen kann.


Kits
Die gewählten Fertigkeiten beeinflussen auch die Effektivität von sogenannten Kits. Diese werden ausschließlich bei Außenmissionen interessant, da sie dem Captain unterschiedliche Funktionen und Fähigkeiten zur Verfügung stellen. Bis zu vier unterschiedliche Fähigkeiten kann ein Charakter nutzen. Darunter zählt das Heilen von Teamkameraden, das Paralysieren von Gegnern, indem sie in einem Stasisfeld gefangen gehalten werden, das Projizieren von holografischen Soldaten oder das Wiederaufladen des persönlichen Schildgenerators.
Je nach Karriereweg können verschiedene Kits verwendet werden. Für jede Karriere stehen jeweils drei unterschiedliche Kits zur Verfügung. Jede Variante kann zudem selbst noch einmal unterschiedliche Kombinationen aus Fähigkeiten und Funktionen beinhalten, die abhängig von der Mission mehr oder weniger geeignet sein können. Abhängig von den erlernten Fertigkeiten des Charakters, stehen entsprechend mehr oder weniger Einsatzmöglichkeiten der Kits zur Auswahl.